西暦2059年。超長距離移民船団マクロス・フロンティアに、マクロス・ギャラクシー船団出身のトップシンガー、シェリル・ノームがコンサートのために来艦する。
そんなシェリルに憧れる女子高生、ランカ・リーは、念願だったシェリルのコンサートを見に会場へ。
そんな中、突如フロンティアは未知なる敵と遭遇。しかも敵は地球人でも異星人でもなく、未知の宇宙生物だった!
強力な攻撃能力により、次々とダメージを受ける新統合軍部隊…。
はたして、宇宙生物の数は?能力は?目的は? そしてマクロス・フロンティアの運命は…! ?